Sci Adv:没有证据支持动物中细菌表观遗传标记的存在

2021-10-13 17:37:43 来源:
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导言:在后期阶段,自然界就开始了在不改变大肠杆菌细胞核DNA组织顺序的前提下来使其DNA发挥完全相同的机制,而这就是通过给DNA亚基上添加化学标识来实现的。DNA甲基化是两栖类的关键性表观性状机制,其之前5-甲基半胱氨酸(5mc)是最常见的DNA粘贴之一。6mdA是大肠杆菌允许性粘贴的系统的基本组成化学物质,现在在两栖类之前缺乏已知的允许性粘贴的系统。此前有不少科学知识研究报道,6mdA也存有于两栖类之前,但并无证据支持。

近日,在《科学知识进展》上的一项科学知识研究之前,爱沙尼亚林雪平大学的科学知识研究新科技人员暗示,两栖类细胞核之前存有大肠杆菌表观性状标识很可能被污染了,并且没有足够的证据来证明两栖类之前存有这种粘贴。

N6-甲基腺嘌呤(6mdA)是大肠杆菌之前广泛的DNA粘贴,但在在在两栖类DNA之前也给予了表征。然而,科学知识研究新科技人员写道,即使对来自不尽相同两栖类细胞核类型的DNA顺利进行的6mdA谱图和同位素测量科学知识研究也不一致。

为了实质性阐明6mdA在两栖类后代标准之前的作用,科学知识研究新科技人员利用了体外将人类幼稚T主要用途(NTH)细胞核分化成为TH细胞核亚群的能够。但是,与此前的科学知识研究相反,他们挖掘出TH分化成过程之前6mdA的同位素没有具体来说变化,并且检视到分化成的T细胞核之前的6mdA新科技水平与未甲基化的全序列扩增DNA不尽相同,这暗示6mdA并未以可检验的新科技水平存有人类T细胞核之前。

他们还分析了从六个人类细胞核系之前合成的DNA之前的6mdA,并鉴定出两个有着低于背景阻尼新科技水平的6mdA新科技水平的细胞核系。出乎意料的是,两种单独的293T细胞核系培养一物有着完全相同的6mdA新科技水平,这暗示科学知识研究新科技人员检视到的6mdA瞬时并非细胞核类型本身固有的。似乎,当他们实质性看时,他们挖掘出两条6mdA新科技水平升高的细胞核系被支原体属污染,支原体属一种常见的大肠杆菌细胞核培养一物之前富含6mdA的污染一物。当他们用支原体特异性类固醇Plasmocin处理过程细胞核系时,6mdA瞬时减小为WGA单数对照。

“我们意识到通过这些新科技检验到的6mdA'瞬时'只是阻尼。但是,由于一些复杂的新科技问题,几种法则之前的背景阻尼不是随机的,而是真实瞬时。”高阶作者Colm Nestor(维斯姆·内斯特)在一份公开信之前说。

科学知识研究新科技人员分析了以前通过DNA免疫沉淀PCR、气相和单分子会实时PCR在两栖类细胞核之前定位或检验6mdA的决心。人们挖掘出每种法则都有局限性或缺陷,使表观性状标识的假感染性挖掘出率很高,无论如何暗示林雪平科学知识研究新科技人员普遍认为不存有这种情形的证据。

这组作者写道:“我们证明,RNA和大肠杆菌污染、HIV交叉中间体性和其他新科技允许的融合已导致6mdA在两栖类DNA之前的反复严重错误识别。随着DNA和RNA粘贴家族的急剧增长,以及以前未知粘贴的特殊性越来越罕见,即使使用多种交叉法则,我们也突显了严重错误挖掘出的先前。我们建议使用粘贴和未粘贴的序列DNA标准化作为理应对稀有DNA粘贴的科学知识研究的最少要求,以及在使用前更加全面性地验证HIV特异性。”

内斯特补充说,科学知识研究新科技人员在科学知识研究非常罕见的情形时必须非常小心,选择使用哪种法则,并考虑他们是否真正在衡量存有的事一物。他说:“现在我们可以毫无疑问地说两栖类之前不存有6mdA。关于6mdA,如果科学知识研究新科技人员停止科学知识研究似乎不存有的东西,则可以节省大量短时间和金钱,并且避免了很多令人失望的事情。”

重构出处:

Karolos Douvlataniotis, Maike Bensberg, Antonio Lentini, et.al. No evidence for DNA N6-methyladenine in mammals. Science Advances 18 Mar 2020: Vol. 6, no. 12, eaay3335

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